Hi ha dos mètodes d'esterilització per als instruments mèdics utilitzats en cirurgia, és a dir, l'esterilització a alta temperatura i l'esterilització a baixa temperatura.
1. El mètode d'esterilització a alta temperatura consisteix a utilitzar la calor alta per desnaturalitzar les proteïnes microbianes per aconseguir el propòsit de matar els bacteris. És el més utilitzat clínicament, i s'utilitza habitualment l'esterilització amb vapor a pressió, que és adequada per a instruments i articles que poden suportar una gran humitat i calor. També hi ha esterilització de vapor flash, que es pot utilitzar per a instruments i articles nus.
En segon lloc, esterilització a baixa temperatura, sovint utilitzant esterilització per òxid d'etilè. L'aplicació més clínica, l'avantatge és que no danya els articles esterilitzats, té un fort poder de penetració i té un bon efecte de matar microorganismes. L'esterilització amb vapor de formaldehid a baixa temperatura es pot utilitzar per a dispositius mèdics que no poden suportar altes temperatures.
